注销公司营业执照正副本丢失时，以下特殊情况或例外情形会影响注销，需区别应对：
1、公司存在未了结债务或法律纠纷：若公司在营业执照丢失且未注销期间有未清偿债务或未决诉讼，即使完成遗失声明等手续，登记机关也可能暂缓注销，要求先解决债务或诉讼问题。因为公司注销需以清算完毕、无未了结事务为前提，未解决的债务或纠纷会影响注销合法性。
2、当地工商部门有特殊规定：不同地区工商部门对营业执照丢失后注销的具体要求存在差异。例如，部分地区要求遗失声明在指定省级以上报纸发布，部分地区可通过国家企业信用信息公示系统线上声明，还有的地区对声明发布后的等待时长（如30天或45天）有不同规定。这些特殊规定会影响注销流程的办理时间和材料准备，需提前向当地工商部门确认。
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针对注销公司营业执照正副本丢失问题，《中华人民共和国公司登记管理条例》第五十九条明确了处理依据：
《中华人民共和国公司登记管理条例》第五十九条规定：“营业执照正本、副本具有同等法律效力。”在注销公司时，若营业执照正副本丢失，只要能提供具有同等效力的证明文件即可继续办理。仅丢失正本的，副本可作为合法凭证提交；若正副本均丢失，通过发布遗失声明证明证照状态，结合清算报告、股东会决议等其他注销材料，符合该条例对注销材料真实性、合法性的要求，因此可以依法完成注销。
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注销公司营业执照正副本丢失不影响注销流程，可通过补办或声明作废后继续办理：
若仅丢失营业执照正本，可凭副本及其他注销材料直接向登记机关申请注销，因为副本与正本具有同等法律效力。

若营业执照正副本均丢失，需先在国家企业信用信息公示系统或指定报纸上发布营业执照遗失声明（注明公司名称、注册号、证照遗失情况等信息），声明发布后凭声明文件及其他注销材料办理注销手续。
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注销公司营业执照正副本丢失可能引发以下法律风险，需提前了解并防范：
1、证据链风险：若未妥善处理营业执照丢失问题，导致注销材料不完整，可能被登记机关认定为申请材料不符合法定形式而驳回注销申请。例如，某公司正副本均丢失，未发布遗失声明就提交注销申请，工商部门以无法确认证照状态为由拒绝受理，导致公司无法及时注销，进而可能产生后续的税务或行政费用。
2、信息冒用风险：营业执照正副本丢失后若未及时发布遗失声明，可能被他人冒用从事违法活动，公司需承担相应法律责任。比如，不法分子拾得丢失的营业执照后，冒用公司名义签订合同，导致公司陷入合同纠纷，面临赔偿风险。

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