综合工时制下，劳动者主张双倍薪资可能面临以下法律风险，需提前了解并防范：1.证据不足风险：例如，劳动者仅口头主张休息日加班，但未提供考勤记录、工作安排通知等书面证据，用人单位否认加班事实，导致双倍薪资诉求无法得到支持。2.仲裁时效风险：例如，劳动者在休息日加班后，未在1年内向劳动仲裁机构提出双倍薪资主张，超过时效后再申请，仲裁机构可能不予受理。综合工时制下，双倍薪资的认定存在一些特殊情况，会影响处理结果：1.经劳动行政部门批准的综合工时制：若用人单位未依法向劳动行政部门申请并获得综合工时制批准，即使实际按综合工时制执行，劳动者仍可主张标准工时制下的双倍薪资（如休息日加班直接支付双倍）。2.劳动合同约定优先：若劳动合同中明确约定综合工时制下休息日加班的补偿方式（如仅补休不支付双倍薪资），且该约定不违反法律强制性规定，劳动者需按合同约定执行，无法主张双倍薪资。3.法定休假日加班：综合工时制下法定休假日加班，需支付300%薪资而非双倍，这一特殊情形需与休息日加班区分，避免混淆。
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综合工时制下的双倍薪资情况，可依据《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》的相关条款进行分析。《中华人民共和国劳动法》第四十四条规定：“休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。”《工资支付暂行规定》第十三条进一步明确：“经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并应按本规定支付劳动者延长工作时间的工资；用人单位依法安排劳动者在休息日工作，而又不能安排补休的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付劳动者工资。”结合问题场景，综合工时制下，若用人单位在休息日安排劳动者工作且未补休，即符合上述法律规定的双倍薪资支付条件。综合工时制下，若在休息日安排工作且未补休，需支付双倍薪资，这一结论有明确法律依据。根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条第（二）项：“休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。”《工资支付暂行规定》第十三条进一步细化：“经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的，用人单位依法安排劳动者在休息日工作，而又不能安排补休的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付劳动者工资。”因此，综合工时制下，当劳动者在休息日被安排工作且未获得补休时，用人单位需支付双倍薪资，这是法律明确规定的义务。

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