员工休息被扣待遇是否合法需结合具体情况判断，劳动仲裁是解决该纠纷的有效途径。
员工休息被扣待遇是否合法需分情况判断，劳动仲裁是可行的解决方式。

1. 若用人单位无正当理由扣除员工休息期间的合法待遇（如带薪年假工资、法定节假日工资）：此时扣待遇不合法，员工可通过劳动仲裁主张权益。
2. 若用人单位因员工存在旷工、违反单位合法规章制度等情形扣除待遇：需看扣除依据是否合法（如制度经民主程序制定且公示），若依据合法则扣除行为可能合法，否则仍属违法。
3. 若员工休息属非法定/约定的无薪休息（如事假）：用人单位按规定扣除相应待遇通常合法。
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员工休息被扣待遇的处理可能受一些特殊情况影响，导致结果出现差异，以下是常见的特殊情形及影响。
1. 用人单位有合法扣减依据：若用人单位能证明扣待遇是基于合法有效的规章制度（如员工旷工，制度明确旷工扣当日工资，且制度经民主程序制定并公示），则扣待遇行为合法，仲裁委可能不支持员工的诉求。
2. 员工休息属无薪假：若员工休息是事假（非法定或约定带薪假），用人单位按规定扣除相应待遇，此行为合法，仲裁时员工主张补发待遇的请求可能不被支持。
3. 双方对休息性质存在争议：若员工认为休息是带薪年假，用人单位认为是事假，需看员工是否符合年假条件（如连续工作满1年）及是否提交年假申请，若员工未提交申请或不符合条件，可能影响仲裁结果。
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针对员工休息被扣待遇的问题，我们可以依据《中华人民共和国劳动法》的相关规定来分析其合法性及仲裁依据。
《中华人民共和国劳动法》第五十条明确规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”若员工休息是法定带薪休假（如年假、法定节假日）或劳动合同约定的带薪休息，用人单位扣除其待遇属于“克扣工资”，违反该条款；若员工因合法休息（如病假且提供证明）被扣除待遇，同样违反该规定。劳动仲裁时，此条款可作为员工主张用人单位违法扣待遇的核心法律依据，仲裁委通常会据此支持员工要求补发待遇的诉求。
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员工在处理休息被扣待遇的问题时，容易出现一些错误操作，可能影响权益维护，以下是常见的错误行为。
1. 忽视证据收集：部分员工发现待遇被扣后，未及时保存工资条、休息记录等证据，导致仲裁时无法证明被扣事实，难以获得支持。
2. 超过仲裁时效：未在1年内申请劳动仲裁，导致诉求因时效问题被驳回，无法通过法律途径追回被扣待遇。
3. 盲目签署和解协议：在未明确自身权益的情况下，签署用人单位提供的不平等和解协议（如放弃部分被扣待遇），导致后续无法再主张权利。

若你已出现上述错误操作，或不确定如何补救，可进一步向律师咨询，获取针对性的解决方案。

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